本校於1965年由“沙巴客属总会”（註一）创办。创校工作是在总会长拿督张福田之领导号召，李桂陶之四处奔走，叶毓秀和拿督彭德聪之从旁协助，並获全州客家乡贤诸如：曾志安、张霖汉（吧巴）、张继明、罗汉光、罗志宏、邬育才、李渥新、杨铭、江耀祥、邬权（山打根）、何天文、陈妙英、罗思宗、何师善、李德山、赖恩光、戴艺发、冯安华（亚庇）、锺兆龙、罗忠（保佛）、丘福局绅、曾富生、杨六（斗湖）、潘惠良（根地咬）、张海昌、邬天仁（丹南）、拿督赖福金、拿督罗思仁（山打根）等人之支持下，很快便把工作办妥。由拿督彭德聪负责註册及申请土地事，於短期内获本州教育司批准，又蒙土地测量局割让9.24英亩之土地（即今现址）。同时由叶毓秀向联邦财政部申请建校捐款豁免所得税亦获得批准，令人振奋不已。
为争取时间，乃商借亚庇中学课室於下午上课。首期招收初一新生两班78名，并於1965年1月25日举行开学典礼，沙巴崇正中学正式成立上课。
第一座永久性三层楼课室（锺瑞德楼）是在首届建委会主席拿督张福田联合叶毓秀、拿督彭德聪、李桂陶等人之推动下，获各地区同属委员之协助与支持，并得杨德忠等人组织麒麟团於新春拜年及香港影星艺术团到各地巡回义演，共筹得廿余万元，於1967年建成。並於1968年11月16日由首席部长拿督莫斯达华主持开幕，全州客属领袖齐集一堂，盛况空前。
自创办之初至1974年中，均由叶毓秀担任董事长（註二）兼任义务校长至1967年。至於学校之日常行政，多由李德山副校长负责，后由教务主任曾德兴主持。1968年聘请锺志鹏为校长，1970年由曾福泉接任，1972年由陈观燊任代校长至1974年止。（註三）
本校是继山打根育源中学（1962），亚庇建国中学（1963），斗湖巴华中学（1964）之后创办之独立华文中学。主要目标是招收小学会考不及格和超龄而无资格进入政府和津贴中学升学的学生，让他们有机会继续接受中学教育，参加由本州教育部所主办的华文初中和高中文凭考试。这是殖民地政府於1962年起改变教育政策和施行教师统一薪金制的结果。
盖以前的华校皆为“公立”或 “私立”，一切由华社自理，甚少获得殖民地州政府之津贴。故薪金低，课程不同，水平不一。政府为要改革学校行政，提升教育水平，推出“统一薪金制”，改“公立”或 “私立”学校为“津贴华校”。核定教师资格，统一发薪。採用统一课本和课程纲要，並规定入学年龄，施行会考制度，只有会考及格且适龄的学生才可升学。因此，约有40%-50%的小学生无法升学，引起华社之恐慌与关注，纷纷要求成立私人的（不受津贴）中学，以收留这批失学的少年，教育部也乐见其成。华文独立中学逐应运而生，至1969年，全州前后成立了九间这一类的中学。
1963年马来西亚成立，北婆罗洲成为大马十三州之一，且更名为“沙巴”，但教育事务仍由本州自理。1968年起教育部决定提供九年的义务教育，逐步提高小学会考及格率，由当初的约60%提高到100%而最后取消小学会考。这样一来。由该年起，不毕业的小学生逐年减少，直接影响华文独立中学的新生人数。全州独中学生人数开始普遍下降，本校更不例外。
由1965年之新生78人开始，至1967年达到最高峰约有670多人，往后逐渐减少。至1974年全校学生仅剩下24名，当时接获沙巴基金局来函要求接收本校，面临被接管或关闭之忧。有关本校之去处，议论纷纷。在“客总”分会中，斗湖客家公会是首先在其理事会中议决；坚决反对售卖校产，该议决案亦得客总其他分会热烈响应，一班有识之士包括廖官秀和亚庇客属公会诸理事等大声疾呼，要求“客总”召开全州客属人士大会，讨论本校之前途，进行改革，并坚决反对售卖校产或关闭本校。“客总”从善如流，接纳献议，在会议中斗湖客家公会提议解散“客总”，获得会议一致接纳。在“客总”正式解散当天达致了二项决定。 由斗湖客家公会负责筹组“沙巴客联会”。 移交本校校产及校政予亚庇客属公会，当时由张继明、叶茂恩、黄耀宗代表亚庇客属公会接收（註七）。亚庇客属公会成立以拿督彭德聪，杨紫峰和拿督杨来添为主的“七人小组”研究兴革事宜。其中被接纳者有（一）积极草拟董事会章程，规定由理事会物色适当的董事长人才，再由彼物色其他人才成立董事会，赋予全权管理学校；（二）力邀热心教育人士和学有专长者为董事，结果组成坚强的董事会。其人选包括董事长拿督彭德聪，副董事长杨紫峰，秘书叶水生，监学曹德安，财政陈友，董事陈玉发、廖庆友、萧接华、杨观华、张继明、邬育才等。曹德安於1974年5月受邀加入行列，对行政组织，教学语文，课程设计，师资以及教学内容等均提出一系列的建议，获得董事会和理事会赞同。1974年9月“客总”正式移交财产和管理权予亚庇客属公会。后者於9月22日授权监学曹德安接管学校和策划复兴的工作（註四）。
1974年11月决定聘请郑佑安为校长，12月底上任。随着发动全体理事和热心人士包括黄耀宗，杨德忠等分组向客属家长招收初一和中四学生。又发动客属人士清理校园，建筑校长宿舍（潘麟阁楼）。聘请六位专职教师和获得廖庆友、林振麒、陈德和及曹德安拔刀相助，担任义务教师，分别负责数学、化学、物理和生物等课程，为期三年或四年不等。结果招到初一新生250人，中四60多人。本校逐於1975年1月隆重举行开学典礼，以新的面貌和新的精神，踏上复兴和发展的道路。
在这关键时刻的关键人物是公会主席拿督彭德聪，毅然接受挑战，负起领导复兴改革和筹款的工作，並兼任建委会主席之职（註五）至1980年止，逐步完成“第一个十年发展计划” （註六）。人民党虽於1976年执政，但联盟时代压制华校的阴影仍然笼罩全州，处事仍需谨慎。可是在其任内，完成了第二栋三成楼课室（杨云楼），第三栋三层楼课室（商联会楼），第四栋三层行政大楼（拿督赖福金楼），第五栋综合大礼堂（钟兆龙大礼堂），第六栋四层楼教员宿舍，（曾志安楼）崇正亭，填土建筑两座篮球场，一个网球场和运动场，是本校扩建最蓬勃的时期。此外，科学仪器，图书，打字机和体育用品也大量添增扩充。期间除了提高学术水平之外，更重视课外活动。各种会社纷纷成立，其中最显著的乃得陈桂生之赞助，成立“铜乐队”（后改称为管乐队），士气为之一振，本校管乐队之成立乃开本州管乐队之先河，影响大、贡献巨。随后各地独中，华小也纷纷成立管乐队。
1975年复兴之初，千头万绪，要办的事很多，尤须联络其他独中，统一方针和目标，採取统一步骤，共同进退，逐成立“联络处”。后於1979年成立“沙巴独中董总”。又委派董事长杨紫峰，监学曹德安，校长郑佑安，策划组委员杨建中等组团访问西马各华文独中和董教总同仁。经深入研究后，决定加强本校之原订办学方针：三种语文並重並授，重视统考，政府会考和国外各种考试；学习和发展母文母语，保存华族的根；接受科技新知识，培养民主自由法治和科学精神，放眼世界；掌握本土文化，立足本国，建立和谐亲善社会。
1977年起杨紫峰出任董事长，连任三届至1982年退休。由1974年初起，杨紫峰便与拿督彭德聪一起参与改革复兴工作。后又为扩建校舍，协助建委会,运筹帷幄，四处奔波，完成策划组所制定的计划，劳苦功高，也是本校在关键时期的关键人物之一，应该是本校复兴的功臣之一，永垂校史。在六年任内分别由黄耀宗，陈桂生和杨建中担任副董事长。
拿督彭德聪担任了一届董事长以后，把领导董事会的工作交由杨紫峰接任，但仍担任建委会主席。自1975年至1982年杨紫峰荣休期间，主要的发展工作仍由他们两人领导。
由於办学方针正确，组织坚强，公会理事，学校董事，校长和老师职权分明， 配合得宜，建立良好校风，精神和面貌为之一新。社会人士和家长对本校之信心大增，一切顺利展开，本校日臻佳境。
自1975年起至1980年，本校已办至高中三班。第一次参加独中统考和SPM考试，成绩斐然，令人满意。而报读初中一的学生，逐年增加至六百多人，结果董事会采纳监学兼策划组的建议，举行入学试，以成绩遴选学生，以至今日，而报考者已达四百人。本校已达到当初复兴时的宏愿，即办理一所理想的学校，提供全面的教育，使学生得以均衡发展，重视校内校外活动和考试，确保本校学生在升学和就业方面毫无阻力。
曹德安自1974年开始至1982年初到外国升学止，即担任本校监学兼策划组主任，故对本校之办学方针，校舍设备之建设，课程和教学内容之编定，校务制改革和师资之训练等做出重要的建议，对本校和沙巴独中应走之办学大方向，作出贡献，也是本校复兴关键时期的关键人物之一。其职务由其副手林振祺接任（1982-1992）。1993-1994由张纪煌担任监学，目前的监学是沈昱明（1995年至今）。拿督曹於1987年担任工会主席至1998年，共6届12年，兼任建委会主席至今年。1997年至今，担任董事长2届4年，以不同身份服务本校，贡献良多。
杨建中於1983年出任董事长，连任两届至1986年止，其续任者为方振威（1987 – 1996）。杨建中初任策划及建筑组委员，也是本校各主要建筑物的建筑师。后来担任副董事长。
五层综合大楼於1984年8月19日举行落成典礼。综合大楼之底层为食堂及贩卖部，二楼分设电脑室及讲堂，三和四楼是冷气图书馆，五楼充作宿舍，后者充作大学先修班。自此以后，本校设备更趋完善。1986年又完成第二栋四层楼教员宿舍。基本上解决外来教师住宿问题。上列两项大工程，是在杨建中董事长和方振威建委会主席任内完成的。
1984年本校提前完成第一个十年发展计划以后，为了确保本校及州内其他独中高三毕业生顺利到国内外大学升学，开始研究並於1987年1月开办大学先修班，招收理、商科学生152名，聘请政府教师曾桂安担任先修班主任。由於课程实际，教学效果好，参加A-LEVEL和LCCI考试成绩佳，学生出路和升学没有问题，人数逐年增加。设於综合大楼五楼之课室不敷应用，乃有筹建大学先修班中心之计划。此重担落在建委会主席拿督曹德安和董事长方振威以及委员们身上。该中心包含三座建筑物，共需150万元。由社会人士之捐款及州政府先后两次拨款共四十万元於1988年建成。动土礼於1988年1月11日由副首席部长兼农渔部长拿督曹德安主持。1989年1月迁入使用。並於8月13日由首席部长拿督百林吉丁岸亲临剪彩开幕，盛况空前。完成大学先修班中心以后，本校进入另一个里程碑，迈上设立大专院之道路。
1989年11月4日上午十一时郑佑安校长心脏病猝发逝世，享年49岁。噩耗传来，本校上下，本州甚至全国教育界人士深感震惊，均表惋惜，第二年郑佑安被州元首追封为拿督，表彰其对教育之贡献。
拿督郑佑安校长主持校政15年，对本校之复兴改革和发展，以及对本州华教及华校之爱护，做出极大的贡献。他原为政府津贴中学校长，卻甘愿於1975年接掌本校校务，为的是热爱中华文化，关心子弟的教育前途。为了贯徹本校之办学方针，辛勤工作，事事关心，亲力亲为，以致英年早逝。董事会在徽询公会主席之意见后，不在外头物色校长，而於1990年3月正式委任刘选福副校长为校长（1990-1996），委任丘和新和曾桂安为副校长，前者负责教务，后者兼大学先修班主任。
本校复兴之关键时期另一位关键人物则是郑佑安校长。出任校长时年仅34岁，受中西教育，充满新思潮，朝气蓬勃，故能在关键时刻，接受挑战，忠实地贯徹即定的办学方针，很快便把学校导向轨道，声誉日隆，且一直在进步中求进步，建立稳固的基础，为后来开拓一条康庄大道，赢得社会之赞许。
接任者刘选副校长，秉承本校一向的作风，在原有的基础上，一直保持原来的水平，且在各领域裡均有突出的表现。后因一些改制之建议而另有主张，但与本校原来办学理念和制度有異，逐於1996年底离职。本校随即决定校长之职由副校长曾桂安升任至今。丘和新续任副校长，1999年9月聘请谢树辉为副校长兼先修班主任。
1992年，由於学生人数日渐增多学生活动场所不足应付乃有兴建学生活动中心之计划。在第六期建委会主席拿督曹德安及第十四届董事长拿督方振威之领导下，发动筹款活动，及获州政府拨款资助下，耗资三百万元的七层“学生活动中心”在1994年12月完成，並於1995年7月29日由首席部长拿督沙礼赛德主持落成典礼。此七层高活动大楼，包括运动场望台、大型食堂、课外活动办公室、华乐室、管乐室、舞蹈室、音乐室、演艺室、数个综合活动室和各种会社之办公活动室等等。
由於学生人数已达2500人，校园建设已达饱和，发展下去将破坏理想之环境，於是公会主席兼建委会主席拿督曹德安於1990年建议並向州政府申请坐落瓜拉孟加达之土地。1992年获批准，1995年正式获割让献议，1997年取得地契CL015548124，实的40英亩。
接着由第七期建委会在主席拿督曹德安之领导下，发动筹款活动，包括工会举办“十大歌星慈善演出”和“春节义卖”等，並获联邦拨款70万，又得乡贤刘国强以250万元之价格（市价450万）负责填土工程（填土6英尺-17英尺）。此工程已在1998年完工。
在这期间，由公会成立以主席拿督曹德安为首之“教育委员会”研究发展新校地及制定21世纪教育之办学方针和由2002年起迁校计划，均一一拟定，记录在案。
拿督方振威於1987年接任董事长之职。之前，曾任公会理事，副主席和董事会董事，建委会主席和副董事长。其副手有拿督张观辉（1983-1988），拿督张联发（1989-1994），陈启荣（1989-1992），拿督杨来添（1993-1996），杨菊明（1995-1996）。拿督方振威担任董事长至1996年退休，共五届，任期最长。在任期内与建委会和理事会合作无间，完成大学先修班大楼和学生活动中心大楼，扩建和修建教师办公室和行政室，扩充食堂，改善课外活动设备，鼓励教师参加政府所主办的各项训练课程，改善教师福利，增设家政班和生活技能班。由於忠实地保留原有的办学方针及优良的传统，另一方面加强改善措施和设备，加上人事安定团结，校内校外各项学术和课外活动一直保持优越的成绩，使本校在安定中继续迈进，可谓劳苦功高。
1997年由公会主席拿督曹德安兼任第17届董事长和第7期建委会主席，1999年不再担任公会主席但受委董事长兼建委会主席。第17届董事会增至15人和增设署理董事长杨菊明担任，两位副董事长黄哲渊和沈清玉担任。在其任内，主要工作有：完成新校地之割让手续和填土工程，拟定新校地发展蓝图及迁校计划；重订教师薪金制，提高教师之待遇；制定教师退休年限（60岁）和恩俸办法，增加教师福利。在行政方面，增设审计处，财务处，总务处和注册处，分别由专人审查进支，掌管进支，统理庶务採购和学校记录等，减轻校长和教师行政工作，改善校长室、纪律处、辅导处和医疗之行政和设备，增加过滤水供应，照顾学生福利；增加泊车位，美化办事处和校园；设立奖助学基金，以稳固的收入，协助清贫和优秀学生，又得校友会之赞助，设立“崇正人服务崇正基金”，培训接班人；借书和收费方面，在电脑小组之协助下全部电脑化，增设电脑光碟和电视节目，並计划增建“资讯工艺中心”，准备进入全面电脑教学时代。修订校训、校旗和校徽，以表现崇正办学精神。
在计划中者有：明年增加初一一班，並把每班人数降至50人，扩大辅导范围，扩建食堂和先修班办公室，增建厕所和改善校内交通系统，在课外活动方面，鼓励更多的学生参加纪律部队，培养服务和保国卫土精神。
这四年来，在曾桂安校长，丘和新和谢树辉副校长（1999年9月聘任），以及一批行政人员和教师之辛勤工作下，创下非常优越的成绩，统考和国内外考试有达100%者，学生屡获国外大学奖学金，扬名国外。没有令支持和爱护本校之家长和社会人士失望。实可告慰者也。
1965年，当华社面对一群又一群失学无法升中学的少年和彷徨无助的家长时，我客家乡贤和先贤，发挥守望相助的精神，出钱出力，毅然创办了沙巴崇正中学，提供机会，让小学会考不毕业和有志接受母文母语教育的学生，继续接受中等教育。造就了许多的人才，及至1974年，时移局变，面临关闭之忧，到了绝望的边缘。但创校之初的目的已达到，完成了一段历史的使命。
1974年，本校危机重重，如何自救，议论纷纷。在彷徨失措之际，我客家后彦和前辈，再次发出正义的吼声，唤起群众，不向恶势低头，沉着应战，作出重大和划时代的决定；一面广征人才，选贤与能，广纳善言，勇於创新；一面另闢办学理念，改善教学目标，锐意改革，致力复兴。经25年的努力，屡的家长和各界人士的支持与协助，历经校长和老师的奉献与坚持，以及学生的自爱与发奋，获得亚庇客家公会之大力维持与严密监督，历届建校委员会之操心与关心，和董事会之有效管理与精明领导，始有今日之规模和声誉。因时制宜，因祸得福，总算完成了当年复兴的宏愿，培训了一批又一批适应明日社会精英。这是经历艰辛的过去，所换来的灿烂成果，理应珍惜，自我警惕，免蹈覆轍。而今而后，宜保持优良办学传统，继续努力，尤须不屈不挠，开拓前进的道路，不止不休，创造成功的条件，在进步中求进步，越过一个山头，再攀高峰。自强不息，止於至善。